Todas as escolas podem se inscrever, seja particular ou pública. Secretarias Municipais de Educação e Meio Ambiente também podem inscrever escolas de sua rede. São admitidos todos os níveis de ensino: desde a educação infantil, fundamental I e II, ensino médio, EJA, ensino técnico e superior (Eco-Campus).
Cumprir com a metodologia dos 7 Passos Eco-Escolas é obrigatório para participar do programa, mas isso não significa uma única forma de aplicação. A flexibilidade e adaptação à realidade de cada escola, a partir de um processo padrão, é o que torna o programa Eco-Escolas tão bem sucedido em toda a rede internacional.
Independente das metodologias de ensino da sua escola, a metodologia Eco-Escolas é complementar e focada no desenvolvimento dos estudantes para a gestão socioambiental. Não sendo necessárias mudanças no planejamento do ensino, apenas uma integração à cultura de sustentabilidade da escola.