O Programa Eco-Escolas é bem flexível em seus prazos, o que permite que cada país estabeleça seus critérios em relação à datas no programa. No Brasil cada escola poderá se inscrever em qualquer período do ano.
Da mesma maneira, o prazo para conclusão dos 7 passos descritos na metodologia do programa vai depender do Plano de Ação elaborado pela própria escola. Espera-se que este prazo seja de 6 meses à 2 anos no máximo (em função da experiência, capacidade, envolvimento e gestão da escola), ou seja, em média estima-se um prazo de 1 ano para realizar o ciclo do programa e iniciar um novo tema.